Comparison of sample preparation methods for rare cell isolation in microfluidic devices

Can J Chem. 2022 Jul;100(7):512-519. doi: 10.1139/cjc-2021-0229. Epub 2022 Jan 19.

Abstract

The analysis of circulating tumor cells (CTCs) is important for cancer diagnosis and prognosis. Microfluidics has been employed for CTC analysis due to its scaling advantages and high performance. However, pre-analytical methods for CTC sample preparation are often combined with microfluidic platforms because a large sample volume is required to detect extremely rare CTCs. Among pre-analytical methods, Ficoll-Paque, OncoQuick, and RosetteSep are commonly used to separate cells of interest. To compare their performance, we spiked L3.6pl pancreatic cancer cells into healthy blood samples and then employed each technique to prepare blood samples, followed by using a microfluidic platform to capture and detect L3.6pl cells. We found these three methods have similar performance, though the slight edge of RosetteSep over Ficoll-Paque is statistically significant. We also studied the effects of the tumor cell concentrations on the performance of the frequently used Ficoll-Paque method. Furthermore, we examined the repeatability and variability of each pre-analytical technique and the microfluidics-enabled detection. This study will provide researchers and clinicians with comparative data that can influence the choice of sample preparation method, help estimate CTC loss in each pre-analytical method, and correlate the results of clinical studies that employ different techniques.

L’analyse des cellules tumorales circulantes (CTC) est une pierre angulaire du diagnostic et du pronostic du cancer. On recourt à la microfluidique pour l’analyse des CTC en raison des avantages qu’elle offre pour la mise à l’échelle et de sa grande performance. Par ailleurs, les méthodes préanalytiques pour la préparation d’échantillons de CTC font souvent appel à des plateformes microfluidiques, car il faut un grand volume d’échantillon pour détecter des CTC extrêmement rares. Parmi les méthodes préanalytiques couramment utilisées pour séparer les cellules sanguines d’intérêt, notons Ficoll-PaqueMC, OncoQuickMC et RosetteSepMC. Afin de comparer les performances de ces méthodes, nous avons additionné de cellules de cancer du pancreas L3,6pl des échantillons de sang sains, puis nous avons utilisé les trois méthodes pour préparer les échantillons sanguins, que nous avons ensuite soumis à une plateforme microfluidique pour isoler et détecter les cellules L3,6pl. Nos résultats montrent que les performances de ces trois méthodes sont similaires, bien que le léger avantage de RosetteSepMC par rapport à Ficoll-PaqueMC soit statistiquement significatif. Nous avons également étudié les effets des concentrations de cellules tumorales sur la performance de la méthode Ficoll-PaqueMC, qui est la plus fréquemment utilisée. En outre, nous avons examiné la répétabilité et la variabilité de chaque méthode préanalytique et les caractéristiques de détection que permet d’obtenir la microfluidique. Cette étude fournit aux chercheurs et aux cliniciens des données comparatives qui peuvent influencer leur choix de la méthode de préparation des échantillons, et permet d’estimer la perte de CTC propre à chaque méthode préanalytique et de corréler les résultats des études cliniques qui utilisent différentes techniques. [Traduit par la Rédaction].

Keywords: circulating tumor cells; microfluidics; preanalytical; sample preparation.