Optimization and adaptation of the diagnostic capacity for the performance of large volumes of SARS-CoV-2 RT-PCR

Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2022 Oct;40(8):441-444. doi: 10.1016/j.eimce.2022.05.001. Epub 2022 May 13.

Abstract
in English, Spanish

Introduction: In the present manuscript we describe the planning carried out in our hospital to adapt our diagnostic capability to perform large numbers of SARS-CoV-2 RT-PCR.

Methods: The analysis and prediction of workflow included the number of RT-PCR per week from the beginning of the pandemic, with a total of 31971 determinations. The planning phase was developed based on the different scenarios previously predicted.

Results: According to the predictions obtained, an automated custom solution was chosen, based on the use of the OT-2 open-source liquid-handling robots (Opentrons), to design a reproducible workflow that achieved a production capacity of 5640 samples/day, with a time of response of four hours per procedure.

Conclusions: The analysis and prediction of workflow, along with the use of the robotic platforms OT-2, provided a robust structure to deal with the high demand of determinations that this pandemic requires.

Introducción: Este artículo describe la planificación efectuada para adecuar la capacidad diagnóstica de grandes volúmenes de RT-PCR de SARS-CoV-2.

Métodos: El análisis y predicción del flujo de trabajo incluyó el número de RT-PCR desde el inicio de la pandemia, con 31971 registros. La planificación de la capacidad y de las opciones diagnósticas se planteó en base a los posibles escenarios derivados de las predicciones efectuadas.

Resultados: De acuerdo con las predicciones obtenidas, se optó por una solución automatizada basada en el empleo de robots OT-2 (Opentrons) para configurar un flujo de trabajo reproducible, que logró una capacidad de procesamiento de 5.640 muestras/día, con un tiempo de respuesta de cuatro horas.

Conclusiones: El análisis y predicción del flujo de trabajo, unido al empleo de plataformas basadas en OT-2, proporciona una infraestructura robusta que permite atender con éxito las demandas de prueba que exige esta pandemia.

Keywords: Capacidad diagnóstica; Diagnostic capacity; Opentrons; PCR-RT; RT-PCR; SARS-CoV-2.

MeSH terms

  • COVID-19 Testing
  • COVID-19* / diagnosis
  • Clinical Laboratory Techniques / methods
  • Humans
  • Pandemics
  • Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
  • SARS-CoV-2* / genetics